技術的に問題ありませんが、ＷＰＣ処理の処理具合によって、モリブデンショットの効果が半減する場合があります。特に表面強度アップを重視して処理している場合は、モリブデンの浸透が困難な場合がありますので、まず依頼品を拝見させていただく事になると思います。

モリブデンショットはコーティングと違い表面層の中に浸透しています。
表面に付いているのは浸透しきれなかった余分なモリブデンが付着しているとお考えください。ですので、パーツクリーナーでどんどん洗ってもらって結構です。
逆にしっかり洗って拭いていただかないと、寸法の厳しいところ例えばピストンがシリンダーに入らない事もまれにあります。
独特の表面の色は実は余分な分が付いているからで、色が落ちても効果は変わりませんのでご安心ください。

ボルトはモリブデンショットいたしますと、ネジ部のすべりが良くなり、脱落の可能性がありますので、通常は処理いたしません。ただステンレスボルトなどのカジリ防止の為、処理する事はございます。（緩みの点を了承の上、処理いたします）

耐熱性は、元々の材質によりますので、まず問題無いと思われます。モリブデンショットに関してもモリブデンの耐熱温度は４００度前後ですので、表面層に浸透しているモリブデンが影響を受ける事はありません。

処理に関しては可能ですが、やはり表面層に浸透する深さが浅くなり、効果がアルミなどに比べ落ちる場合があります。
どの程度の硬さならＮＧといったデータが特にある訳ではありませんので、試していただく事になります。ＷＰＣ処理を前処理として行なう事で、浸透しやすくなりますので、複合処理をお奨めいたします。